| 【中文题名】 | 银杏（Ginkgo biloba）叶绿体DNA系统地理学研究 |
| 【英文题名】 | Phylogeography of Chloroplast DNA Variation in Ginkgo Biloba |
| 【学科专业】 | 生态学 |
| 【论文级别】 | 硕士论文 |
| 【投稿时间】 | 2005-7-18 |
| 【中关键词】 | 银杏,系统地理学研究,巢式支系分析,遗传多样性格局,避难所,扩散 |
| 【英关键词】 | Ginkgo biloba L.,phylogeography,nested clade analysis,genetic structure,glacial refugia,dispersal,restricted gene flow, |
| 【分类导航】 | 生物科学>植物学>植物生态学和植物地理学>植物地理学、植物分布（植物志）>> |
| 【论文摘要】 | 本论文对分布在中国云贵高原、大别山伏牛山区、浙江西天目山的7个潜在野生银杏(Ginkgo biloba L.)种群进行了系统地理学研究,分析了银杏的遗传多样性格局,并探讨了银杏冰期避难所在和冰期后的扩散情况。
对银杏叶绿体基因组trnL-trnF、trnS-trnG、psbB-psbF基因间隔区和matK基因区进行测序,得到总长度为3676bp的碱基序列,共出现5个多态位点;核苷酸多态性很低(0.136%),这可能是由于冰期瓶颈效应的结果。共得到3种单倍型(HⅠ,HⅡ,HⅢ),出现频率分别为92%、2%、6%。单倍型为HⅢ的个体(3个)仅在金佛山种群出现,单倍型HⅡ(1个)仅在天目山种群出现。
在NCA分析中,巢式同一性检验结果表明金佛山特有单倍型HⅢ与其地理分布存在显著的联系;巢式距离格局表明,有限基因流在天目山特有单倍型HⅡ分布格局的形成中起了关键作用。NCA揭示的所有银杏个体总体遗传多样性格局为:祖先单倍型HⅠ分布范围广泛;各分布区之间基因流非常有限;金佛山将近50%的个体为同一特有种单倍型,扩散非常有限。
将本文3种单倍型matK序列与Genbank中检索到的3个分... |
| 【论文题纲】 |
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本论文独创性和授权声明 |
4-5 |
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答辩委员会成员 |
5-8 |
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中文摘要 |
8-9 |
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英文摘要 |
9-10 |
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1.前言 |
10-23 |
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1.1 遗传多样性格局 |
10-11 |
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1.2 经过严格统计检验和实例证明的遗传多样性格局成因 |
11-14 |
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1.2.1 有限基因流 |
11-12 |
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1.2.2 种群扩张 |
12-13 |
|
1.2.3 种群片断化 |
13-14 |
|
1.3 系统地理学 |
14-15 |
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1.4 系统地理学研究中应用的基因片段 |
15-16 |
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1.5 系统地理学研究方法 |
16-19 |
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1.6 银杏及其研究进展 |
19-23 |
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1.6.1 银杏的第四纪冰期避难所在哪里? |
20-21 |
|
1.6.2 中国大陆的银杏是否曾经绝灭过? |
21-23 |
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2.材料与方法 |
23-32 |
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2.1 银杏样本选择 |
23-24 |
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2.2 DNA提取 |
24 |
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2.3 cpDNA片段扩增 |
24-26 |
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2.4 测序 |
26-27 |
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2.5 DNA序列数据比对 |
27 |
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2.6 巢式支系分析(NCA) |
27-32 |
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2.6.1 建立单倍型系统树 |
27 |
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2.6.2 组巢式支系图 |
27-28 |
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2.6.3 巢式同一性分析 |
28-29 |
|
2.6.4 计算巢内距离Dc与巢间距离Dn |
29-30 |
|
2.6.5 单倍型系统地理格局成因与其距离格局对照表 |
30 |
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2.6.6 检索表 |
30-32 |
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3.结果与分析 |
32-44 |
|
3.1 cpDNA通用引物扩增片段测序结果 |
32-38 |
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3.2 单倍型结果 |
38 |
|
3.3 NCA分析 |
38-40 |
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3.4 与Genbank中检索到的银杏matK片段序列的比对结果 |
40-44 |
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4.讨论 |
44-49 |
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4.1 中国潜在野生银杏种群叶绿体DNA遗传多样性 |
44 |
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4.2 中国潜在野生银杏种群的遗传多样性格局 |
44-46 |
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4.3 关于银杏的冰期避难所和中国银杏的延续性问题 |
46-49 |
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5.结论 |
49-50 |
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参考文献 |
50-56 |
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致谢 |
56-57 |
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附录一：检索表 |
57-69 |
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附录二：地质年代表 |
69-62 |
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附录三：冰期和间冰期 |
62-64 |
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附录四：烟草叶绿体基因组通用引物全图 |
64-69 |
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| 【DOI】 | LunWen.ID:2.2008.35467 |
