| 【中文题名】 | SNP芯片数据库及其分析工具的构建和应用 |
| 【英文题名】 | Construction and Application of SNP Microarray Database and the Related Analysis Tools |
| 【学科专业】 | 生物医学工程 |
| 【论文级别】 | 硕士论文 |
| 【投稿时间】 | 2007-6-11 |
| 【中关键词】 | 生物信息学,单碱基多态性,病例对照分析,R,卡方检验,哈迪-温伯格平衡 |
| 【英关键词】 | Bioinformatics,Single Nucleotide Polymorphism（SNP）,Statistic analysis,CHD ,,Chi-square test,Hardy-Weinberg Equilibrium,Logistic regression model,OLR1, |
| 【分类导航】 | 医药、卫生>基础医学>医用一般科学>其他科学技术在医学上的应用>> |
| 【论文摘要】 |
随着人类基因组计划的完成,生命科学进入了后基因组时代。科学家开始探究疾病与基因的关系,并把目光投向基因组上特殊的遗传标记位点——SNP。SNP多态性位点的差异有可能造成人们罹患疾病的不同风险和对药物的不同反应。发现这些与常见疾病相关的DNA序列上的多态位点,是了解引起人类疾病的复杂原因和人类族群迁徙的最重要途径之一。本实验室就是在这样的背景下启动DrSNP(Disease-related SNP)项目的。
目前在疾病与基因多态性关系的研究中,人们针对某个疾病或某个SNP位点的研究还呈现单一性,而且各个机构之间的原始数据得不到很好的互享,不同研究群体之间的分析单独进行。然而,实际影响某个疾病的因素可能是多样的,多基因位点、多种环境因素共同作用的结果,简单的小样本数据和单一的分析方法是不可胜任的。特别是对于那些复杂遗传疾病,需要收集大量的样本,采用数据挖掘的方法,建立专门的数据库和分析工具。基于以上设想,我们的研究思路是:建立SNP芯片数据库和样本数据库,并且在此基础上开发、集成各种分析方法,让用户可以共享数据,同时可以实现在线(on web)的数据分析。
在本论文中,我们设计了SNP相... |
| 【论文题纲】 |
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中文摘要 |
5-7 |
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Abstract |
7-10 |
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缩写及术语表 |
10-11 |
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第一章 绪论 |
11-15 |
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1.1 研究背景 |
11-13 |
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1.2 SNP 与疾病 |
13 |
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1.3 论文的研究内容 |
13-14 |
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参考文献 |
14-15 |
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第二章 疾病相关的SNP 数据库平台 |
15-24 |
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2.1 DrSNP 介绍 |
15 |
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2.2 DrSNP 系统数据管理 |
15-18 |
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2.3 SNP 筛选 |
18-19 |
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2.4 芯片结果分析 |
19-22 |
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2.5 小结 |
22-23 |
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参考文献 |
23-24 |
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第三章 基于R 的Web 分析环境 |
24-39 |
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3.1 引言 |
24 |
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3.2 DrSNP 系统分析部分的用户需求 |
24-25 |
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3.3 可选解决方案 |
25-26 |
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3.4 选择R 的理由 |
26-33 |
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3.5 具体解决方案 |
33-35 |
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3.6 分析环境的应用 |
35-38 |
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3.7 小结 |
38 |
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参考文献 |
38-39 |
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第四章 冠心病与氧化LDL 受体1 基因多态性的关系 |
39-45 |
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4.1 背景 |
39-40 |
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4.2 材料和方法 |
40-41 |
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4.3 分析结果 |
41-43 |
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4.4 讨论 |
43-44 |
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参考文献 |
44-45 |
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第五章 总结和展望 |
45-47 |
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5.1 论文工作的主要内容和成果 |
45-46 |
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5.2 工作展望 |
46-47 |
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致谢 |
47-48 |
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附录 |
48-57 |
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硕士阶段发表论文清单 |
57 |
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| 【DOI】 | LunWen.ID:2.2008.205338 |
